José Manuel Aguilar nació un 23 de enero de 2011 en Santander (Cantabria). Es conocido por todos los murcianistas, como el “héroe” del ascenso en el 2000, pero también como el “villano” que cambió de bando, marchándose al ya desaparecido Ciudad de Murcia.
Se comenta que nació en Madrid, aunque en su ficha siempre se ha colocado Santander como lugar de nacimiento.
Criado en la cantera del Racing de Santander, Aguilar debutó con apenas 21 años en 2ºA, disputando algo más de 10 partidos a lo largo de la temporada.
La siguiente temporada fue cedido al Racing de Ferrol, equipo en el cual estuvo temporada y media y apenas pudo disfrutar de minutos.
En el mercado invernal de la temporada 93/94, el Racing decide repescarlo convirtiéndose en una pieza básica en el esquema de juego cántabro. A pesar de esto, el Racing y el jugador decidieron terminar su relación laboral.
Aguilar decidió cambiar de zona en el país, y se marcho a Extremadura, concretamente al Cacereño, club con el que disputa una sola temporada en 2ºB.
Su siguiente temporada, la pasa con el Recreativo de Huelva, también en 2ºB.
Aguilar decide seguir con su andadura por todo el país y se marcha al Cádiz para jugar otra temporada más en 2ºB.
En la 97/98, Aguilar sigue correteando por Andalucía, volviendo a jugar dos temporada más en 2ºB, pero esta vez con el Granada.
Con el equipo granaino, juega un papel importantísimo, explotando su faceta goleadora, algo que había perdido en temporadas anteriores.
Tras sus brillantes temporadas con el equipo andaluz, un Mérida que por aquellos tiempos circulaba todavía por la Segunda División, decide llevárselo de nuevo a tierras extremeñas.
Al principio del campeonato liguero, Aguilar tuvo un muy buen inicio con el equipo, aunque jornadas después fue perdiendo fuelle y desapareciendo de las alineaciones titulares. Cuando apenas se había cumplido un tercio del campeonato, Paco Herrera (técnico por aquel entonces del equipo extremeño) es destituido, circunstancia que tampoco hizo que Aguilar volviese al once titular.
Así pues, el jugador cántabro decidió cambiar de aires nuevamente, esta vez su destino fueron tierras murcianas. Llegó para ayudar a todo un Real Murcia que se jugaba su vuelta al futbol profesional después de bastantes años fuera de él, convirtiéndose en uno de los pilares básicos del equipo.
He aquí quizás, la temporada más recordada por todos de este grandísimo jugador. Había una buena tarde de domingo, su fecha era el 25 de junio del año 2000, el lugar el Estadio de Los Cármenes (Granada), dos equipos se jugaban el ascenso a la Segunda División, el equipo que ganase el partido, ascendía. Corría el minuto 18 de la segunda parte del partido, Aguilar coge el balón casi en su propio área, avanza con él y al llegar al centro del campo hace una pared y avanza con el balón por la banda derecha, Loreto y Cuxart le piden el balón pero Aguilar no lo ve claro y decide seguir él solo, al llegar al borde del área decide desplazarse un poco hacia el centro y se saca un zurdazo de la chistera consiguiendo anotar todo un golazo y llevando a su equipo 6 años después a la categoría de plata del futbol español. Curiosamente, el jugador se había casado el día anterior y decidió dedicarle el gol a su esposa. Los alrededor de 250 aficionados pimentoneros coreaban en nombre del jugador llenos de júbilo y alegría.
Las siguientes dos temporada siguió con el equipo pimentonero en la categoría de plata, hasta que en la temporada 02/03 decidió cambiar de aires pero no de comunidad, marchándose al mayor rival del equipo pimentonero en la capital, el Ciudad de Murcia.
Con el Ciudad, volvió a jugar en 2ºB y volvió a conseguir su segundo ascenso a 2º seguido y con otro equipo de la Región de Murcia consiguiendo también marcar dos goles claves para el equipo.
Tras tres temporadas con el Ciudad, Aguilar decide marcharse a un Lorca recién ascendido a Segunda. Con el Lorca no disputa muchos minutos, así que decide marcharse a un equipo de la tercera división murciana, La Unión., club con el que disputa una temporada.
Al año siguiente y después de la desaparición del Ciudad de Murcia, es llamado para ser una de la piezas claves del “nuevo” Ciudad de Lorqui, para intentar llevar al equipo ilorcitano por el mismo camino que su predecesor. Con el Ciudad de Lorqui logra el ascenso de 3º a 2ºB, ayudando la siguiente temporada a que el Ciudad se mantenga en 2ºB.
Al termino de la temporada 08/09, Aguilar decide colgar las botas y decide pasar a los banquillos.
En la temporada 09/10, se sienta durante toda la temporada en el banquillo del Sangonera Atlético murciano como segundo entrenador de la mano de su ex compañero en el Ciudad Rafa Muñoz.
En Enero del 2011 es llamado de nuevo por Rafa Muñoz para acompañarle en el CD Leganés, pero los malos resultados hacen que los dos sean destituidos.
Actualmente vive con su esposa en la Región de Murcia.